Beh, ogni pagina carica un set di file specifici, più un set generico.
Ovviamente, avendo accesso al pannello di admin significa che index.php o Load.php o Subs.php funzionano correttamente, altrimenti non vedrebbe proprio niente.
Ora, essendo board idnex quello che muore, già il campo è molto ristretto, ma nella patch 2.0.6 = > 2.0.7, di primo acchito, non vedo niente che potrebbe impedire il caricamento di BoardIndex, ma lasciar funzionare il pannello di admin, ce ne potrebbero essere un paio, ma è una possibilità abbastanza remota.
L'aver installato parecchi mod non aiuta, perché ognuno potrebbe usare uno dei file a cui io non sto pensando, quindi... sparo qualche domanda.